吉林省农业科学院（中国农业科技东北创新中心）农产品加工研究中心是从事农产品加工和应用基础研究的研发机构。加工中心始建于上世纪八十年代中期，是我国最早开展农产品加工研究的农业科研单位之一，早在1993年，在我院原有大豆研究所大豆加工研究室的基础上建立了农副产品加工研究中心，并于2003年更名为农产品加工研究中心。1990年，吉林省农业科学院成功地组织承办了首届国际大豆加工利用会议，30多个国家近200名专家学者参加了会议。加工中心现有职工16人，其中研究员2人，副研究员4人，助研5人。具有博士学位的3人，硕士学位5人。具有主持国家和省级科研课题的能力。“八五”以来，加工中心先后主持各类科研课题近四十项。目前主持国家863计划、国家自然科学基金、科技部国际合作项目、科技部中芬政府间合作项目和吉林省科技厅项目5项。在发酵食品、各种饮品和功能性特色食品加工方面取得多项成果和技术专利。用大豆直接生产冰淇淋技术和吉林豆奶、酸豆奶技术分别获吉林省科技进步一等奖和三等奖，含碳酸气乳蛋白饮料等十多项技术获国家技术发明专利。在国内外重要学术期刊发表论文200余篇，其中SCI收录论文14篇。
　　加工中心立足于我省优质绿色农产品资源优势，开展畜产品（乳、肉）加工与生物技术、大豆和玉米深加工和综合利用、长白山生态食品和功能食品等的研究开发工作。加工中心长春院区新址农产品加工实验大楼（使用面积4000平方米）拥有先进的食品生化和微生物分析仪器设备（显微成像系统、物性仪、凝胶成像系统、PCR仪、凯氏定氮仪、牛奶分析仪、冷冻干燥设备、低温高速离心机等）、食品工艺设备和中试设备（发酵乳、加汽饮料和肉制品加工等）。
目前我院把农产品加工与畜牧、生物技术和环境资源一起列为四个重点建设的学科。我院计划投入1000万元用于农产品加工技术平台的建设，现已投入350万元用于乳品加工有关仪器设备和中试设备的购置。加工中心将引进国内外高层次人才，在畜禽乳、肉、粮食加工和特色植物资源加工利用等方面形成学科和技术优势。